Khi xuất khẩu sang Nhật, doanh nghiệp sẽ phải đối mặt với rất nhiều vấn đề, đó là sự khác biệt về kinh tế chính trị, văn hóa, tập quán và thói quen tiêu dùng. Vấn đề đầu tiên doanh nghiệp phải đối mặt khi xuất khẩu đó chính là hàng rào quy định nhập khẩu. Do vậy, để có thể xâm nhập vào thị trường Nhật Bản, việc đầu tiên các doanh nghiệp Việt Nam cần phải quan tâm tìm hiểu là nghiên cứu các quy định nhập khẩu của Nhật Bản, và tìm hiểu xem các mặt hàng mình cung cấp có đáp ứng được các tiêu chuẩn để vượt qua hàng rào phi thuế quan hay không? Việc nghiên cứu và nắm rõ quy định nhập khẩu của Nhật giúp doanh nghiệp chuẩn bị kỹ chứng từ liên quan đến hàng hóa xuất đi Nhật để giảm thời gian thông quan, lưu kho tại Nhật. Chính vì không nắm rõ được quy định mới của Luật vệ sinh thực phẩm đối với hàng thủy sản mà trong năm 2006 các doanh nghiệp xuất khẩu tôm và mực Việt Nam liên tục có vi phạm về dư lượng chất chloramphenicol, kết quả là Nhật Bản áp dụng lệnh kiểm tra 100% đối với các lô hàng tôm và mực xuất khẩu từ Việt Nam.
Do vậy thời gian làm thủ tục hải quan bị kéo dài, gây tốn kém chi phí. Lãnh đạo một doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản tại thành phố Hồ Chí Minh cho biết rằng, công ty ông trước chỉ mất 3-5 ngày để thông quan một lô hàng. Nhưng hiện nay, khi đã tới đất Nhật, phải sau 45 ngày kiểm tra chất lượng, lô hàng của công ty ông mới được thông quan. Khách hàng Nhật cũng không dám đặt đơn hàng lớn mà chỉ dám mua từng container. Tóm lại, việc nắm rõ các quy định nhập khẩu sẽ giúp doanh nghiệp Việt Nam có giải pháp nâng cao chất lượng sản phẩm cho phù hợp với quy định của luật, và đề ra chiến lược xâm nhập thị trường Nhật hợp lý nhất, thay đổi cách quản lý sản xuất, quản lý nhân sự sao cho có thể giảm chi phí xuống mức thấp nhất và đem lại hiệu quả kinh doanh thiết thực.